本发明涉及一种用于运行燃料电池系统(1)的方法，所述燃料电池系统具有燃料电池堆(2)，通过气体输送装置(3)向所述燃料电池堆供应具有氧化剂的气体质量流，其中，所述气体输送装置(3)包括第一压缩机级(5)和第二压缩机级(10)，所述第一压缩机级具有至少一个电机驱动的压缩机(7，8)，所述第二压缩机级具有通过涡轮机(12)驱动的压缩机(11)，所述涡轮机(12)能以所述燃料电池堆(2)的废气质量流驱动，所述废气质量流包括具有阴极质量流和具有阴极压强的阴极路径，其中，所述第一压缩机级(5)的压缩机(7，8)能够以可变的转速驱动，其中，所述第二压缩机级(10)的涡轮机(12)配属有具有涡轮机旁路阀(16)的涡轮机旁路(15)，其中，所述燃料电池堆(2)配属有具有堆旁路阀(18)的堆旁路(17))，其中，在所述燃料电池堆(2)下游连接堆后阀(19)。为了简化和/或改进所述燃料电池系统(1)的运行，在所述燃料电池系统(1)的运行中，在运行策略中，切换用于阴极质量流调节和用于阴极压强调节的调整参量。