本发明公开了一种燃料电池系统和运行燃料电池系统的方法。其中，该燃料电池系统包括燃料电池、控制器、开关、供氧设备以及输出电路；其中，燃料电池包括正极和负极；燃料电池为阴极封闭式燃料电池；控制器用于驱动控制信号以调整供氧设备的供氧气流相对于输出电流的电化学计量比；其中，电化学计量比为α，α满足：1≤α≤4；控制器与开关、供氧设备以及燃料电池电气连接，燃料电池与输出电路电气连接。本发明的方法利用本发明的燃料电池系统，优化燃料电池性能而中断输出的时间非常短，因此非常有利于提供更稳定的输出。