本发明公开了一种燃料电池系统、运输设备及燃料电池冷启动运行方法，包括电堆，驱动泵，工作管路，预热管路和加热器，所述电堆适于反应并产生电能；所述驱动泵适于驱动冷却液流动；所述电堆和所述驱动泵串接在所述工作管路上，所述工作管路适于向所述电堆循环输送冷却液；所述预热管路与所述工作管路连通，且所述预热管路与所述驱动泵并联布置，所述预热管路适于在冷启动时供所述冷却液循环以缩减所述冷却液的预热路径；所述加热器设于所述预热管路，所述加热器适于加热所述预热管路内的所述冷却液。本发明的燃料电池避免了冷启动升温不佳和电堆水淹的问题，保证了燃料电池的平稳运行。