公开了一种用于减少由物体运动造成的成像伪影的生物医学图像的配准方法，在该方法中，在第一幅和第二幅待配准图像中自动判定并跟踪一定数量的特征或标志，以确定上述第一幅和第二幅图像之间的光流矢量。随后通过对第二幅图像施加逆光流进行配准。上述自动特征选择步骤是通过对每个像素确定其定义的邻域内的平均信号强度，随后将该平均信号强度与预先确定的阈值进行比较来实现的。如果所述邻域的平均信号强度值大于预先确定的阈值，那么对应的像素就被定义为特征，并添加到要跟踪的特征的列表中。