本实用新型公开了一种改进副轴输出方式的摩托车发动机，包括发动机本体，其在发动机本体上设置有气缸体、曲轴、主副轴、离合器、副轴以及磁电机，离合器设置在发动机本体的左侧，主副轴上的齿轮和副轴上的齿轮通过离合器连接，副轴的右端设置和摩托车后轮连接的输出动力链轮；磁电机设置在发动机本体的右侧，其与曲轴连接。本实用新型将离合器放在发动机的左侧，为副轴右输出提供结构上的空间，使副轴从右侧输出动力，传递给后轮。其符合该机V缸结构布局，调换磁电机、离合器的位置保证整机结构紧凑性、合理性。同时给人耳目一新的感觉，适应市场对产品多样化的需求。