本实用新型涉及一种用于制备细胞芯片的装置，由相互配合的阵列管固定板和内芯固定板组成，在阵列管固定板上按行列方式设有多根带微孔的阵列管，在内芯固定板上设有多根与阵列管固定板上各阵列管对位配合的阵列管内芯。工作中通过阵列管及内芯间形成的空腔结构，将细胞样本通过琼脂糖包埋于空腔内，使之在带微孔的阵列管空间进行脱水、透明、浸蜡等处理，进而制成细胞芯片石蜡包埋块，再经过切片、染色后即可完成细胞芯片的制备。本实用新型的构造简单，操作方便，能够迅速成型制备出多种不同细胞类型的细胞芯片，非常适合于在医学诊断、药物开发、细胞生物学等领域推广使用。