本实用新型公开了一种自动指纹识别系统，其包括电源管理模块，指纹匹配处理模块，以及与指纹匹配处理模块连接的指纹采集模块、人机交互模块、系统接口模块、存储模块；其特征在于指纹匹配处理模块包括：可对指纹采集模块收集的指纹图像进行指纹特征信息的提取，并可进行精确匹配的核心处理器DSP；可对核心处理器DSP传送的特征进行信息粗匹配处理的协处理器FPGA。本实用新型的有益效果是：实现了嵌入式自动指纹识别，提高了指纹识别效率和指纹存储效率，并采用了模块化设计便于根据不同场合需要的改动，大大提高了本系统的实用性。