一种多发酵池行走式搅拌翻抛装置池间电动转移系统，包括多个平行设置的池壁顶端带有轨道的发酵池，和一台在轨道上运行的行走式搅拌翻抛装置，在多个平行发酵池的末端，设置有一个与各发酵池连通的转移通道，转移通道中设有与发酵池轨道垂直的转移轨道，转移轨道上设有一台用于转移行走式搅拌翻抛装置的移动小车。工作时，搅拌翻抛装置沿着轨道移动，当需要将搅拌翻抛装置转移到其它发酵池作业时，将搅拌翻抛装置移动到发酵池末端转移通道中移动小车顶部的承接轨道上，搅拌翻抛装置的供电转接插座自动与移动小车上的供电转接插头连接，移动小车得电，将移动小车横向移动到所需作业发酵池的位置处，此时搅拌翻抛装置就可转移到其它发酵池上作业了。