本发明提供一种通信系统、微控制器及其应用的视频转码方法及系统，接收发送端发送的视频编码数据，视频编码数据为发送端对采集的视频数据进行编码后生成的；接收接收端发送的对视频编码数据进行请求的请求信息；根据请求信息，判断接收端的解码方式是否与视频编码数据匹配，若是，将视频编码数据直接发送给接收端；若否，将视频编码数据发送至一转码云，以供转码云将视频编码数据转换为与接收端的解码方式匹配的视频转码数据并进行反馈；接收转码云反馈的视频转码数据；将视频转码数据发送至接收端。本发明可实时高效的对视频数据进行转码，且转码设备增减灵活，合理利用转码资源，避免资源的浪费。