本文中呈现用电子束柱阵列来对多个裸片执行测量的方法及系统。沿与安置于晶片上的裸片行平行的方向扫描所述晶片。所述电子束测量柱沿柱对准方向在空间上分隔开。沿相对于所述柱对准方向以倾斜角定向的方向扫描所述晶片，使得在同一晶片通过期间每一电子束柱测量不同裸片上的相同裸片特征行。所述晶片是通过旋转所述晶片、旋转所述电子束柱或其两者而相对于所述电子束柱阵列定向。在其它方面中，使每一测量束偏转以校正每一柱与待测量的所述对应裸片行之间的对准误差且校正由晶片定位系统报告的晶片定位误差。