本发明涉及蛋白质提取技术领域，特别涉及一种高效富集水牛细胞蛋白质的方法，该方法包括细胞裂解、蛋白质样品制备、蛋白质纯化和肽段回收等步骤，采用非接触式超声破碎样品结合磁珠进行蛋白质富集的方法，大大减少了样品使用量并提高了蛋白质的提取效率，该技术操作实用性强，且易普及，为蛋白质组学技术用于微量或珍贵样品的研究提供了行之有效的样品处理方法，使之能够满足蛋白质组学研究所需的样品条件该发明的样本处理方法解决了目前微量样品无法满足蛋白质组学研究所需样本量的瓶颈问题，也为单细胞蛋白质组学分析提供了可行性方案，是一种高效富集水牛细胞蛋白质的方法。