本发明公开一种防空导弹武器系统故障危险源识别的分析系统，所述分析系统置于分析服务器中，包括：安全性数据存储与管理模块，用于以产品树节点为中心，对安全性分析输入、输出的数据进行管理和控制；初因事件分析模块，用于从所述安全性数据存储与管理模块获取参考信息，明确从事故原因到影响的所有传播路径；所述事故原因包括不同分系统相关设备故障耦合；事故场景分析模块，用于在初因事件分析结果的基础上，实现故障对功能产生影响的时序因果关系的建模分析；分析结果查看模块，提供分析结果树形引导图。本发明可以解决传统分析方法难以分析复杂装备危险事件且必须依靠工程经验的技术问题。