本申请公开了基于卷积神经网络生成结构化医学影像报告的方法和系统，所述方法包括：获取要评估的符合DICOM标准的第一医学影像；利用反卷积算法将第一医学影像通过降维扩增转换成单层三通道矩阵；基于单层三通道矩阵，利用经训练的卷积神经网络确定生物体给定部位的各评估点的每一预设评估结果的概率；以及基于所确定的各评估点的每一预设评估结果的概率，将各评估点的具有置信概率的评估结果输出至预构建的医学报告生成系统以生成第一医学影像报告。利用本申请的方法和系统，可生成符合中国医学报告语义习惯的规范的结构化报告内容，在生成报告的过程中更规范和简便，实现自动生成全部或部分医学影像报告。