本发明涉及水除氯技术领域，具体涉及紫外杀菌除氯系统及其控制方法，该系统包括控制器、至少两个处理箱、循环泵和余氯检测器；通过控制器控制水流依次轮流往处理箱中注水，注水的同时净化单元对水进行杀菌、过滤和除氯，利用余氯检测器检测水中的氯含量，并将水中的余氯数据反馈给控制器，控制器根据余氯数据对净化单元和循环泵的运行进行控制，以使该系统能够高效运行并能够满足用户对水的使用要求。该系统集杀菌与除氯于一体，使用方便，高效节能，成本低，安全性高。本发明还提供该系统的控制方法，该控制方法的智能化程度高。