本发明公开一种遗传修饰水稻遗传背景的筛查方法，属于生物遗传背景技术领域。获得水稻品种的分子标记序列信息；获得能够区分不同水稻品种的变异位点；制备扩增变异位点的引物；制备待测遗传修饰水稻和受体亲本的基因组DNA；制备待测遗传修饰水稻和受体亲本的变异位点测序文库；对变异位点测序文库进行高通量测序，获得待测遗传修饰水稻和受体亲本的测序数据组；分析待测遗传修饰水稻和受体亲本的测序数据组，获得每个变异位点的主基因型；分析待测遗传修饰水稻和受体亲本的测序数据组，获得可比较变异位点；对待测遗传修饰水稻和受体亲本的可比对变异位点的主基因型进行序列比对，获得待测遗传修饰水稻和受体亲本的差异位点和样品间的差异率。