本发明提供流体控制装置、控制系统、控制方法和程序存储介质，即使不提高随着时间的控制性能，也能够使例如由脉冲控制实现的流体流量每次都稳定，并且通过由一个流路构成，能够在供给流体时消除流体的浪费。为此，控制机构包括第一压力反馈控制部，第一压力反馈控制部基于由第一压力传感器测定的第一压力来控制所述第一阀，在第二阀关闭的状态下，第一压力反馈控制部以使由第一压力传感器测定的第一压力成为目标突发压力的方式控制第一阀，在第一压力成为目标突发压力且第二阀打开之后，所述控制机构以使流路内流动的流体的流量成为目标恒定流量的方式控制所述第一阀。