本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种检测细胞质遗传的方法和设备。本发明所提供的检测细胞质遗传的方法包括：(1)基于所述生物材料亲本样本细胞质核酸序列的多态性，在所述生物材料亲本样本中分别获得不同的多态性位点，所述亲本样本包括父本样本和母本样本；(2)基于所述不同的多态性位点，利用数字PCR技术获得子代样本细胞质核酸序列的多态性结果；(3)基于所述子代样本细胞质中的多态性结果，确定所述生物材料的细胞质遗传。同时还相应地提供了一种检测细胞质遗传的装置。通过本发明提供的方法和装置，用于检测细胞质遗传的特点，取样灵活，而且具有高分辨率，避免模板之间存在的竞争效应；同时具有极高的灵敏度。