本发明适用于电学领域，提供了一种板载SPI Flash存储器的烧写方法和系统。所述烧写方法包括：安装有用于驱动EJTAG调试单元的J‑LINK驱动程序的上位机运行J‑LINK驱动程序，通过EJTAG调试接口和嵌入式处理器下载系统程序到内存芯片；上位机通过EJTAG调试接口使能嵌入式处理器运行下载到内存芯片中的系统程序，当数据从内存芯片完整拷贝到SPI Flash存储器时，板载SPI Flash存储器烧写完成。因此当SPI Flash存储器固接到电路板上后，如需要烧写程序可直接利用电路板上的嵌入式处理器的EJTAG调试接口，通过J‑LINK驱动程序从外部控制嵌入式处理器完成板载SPI Flash存储器的烧写，为后续设备升级维护提供了简单便捷的手段。