本公开涉及一种固件的烧写方法、系统、车辆控制系统，涉及车辆控制领域，该方法应用于车辆控制系统，包括：MCU接收上位机通过总线发送的烧写报文，并根据烧写报文向MPU发送第一重启指令，MPU响应于第一重启指令，执行重启，并将MPU内存储的Linux最小系统加载为根文件系统，MPU通过以太网向上位机发送烧写请求，以使上位机响应于烧写请求，将待烧写文件包通过以太网发送至MPU，MPU对待烧写文件包进行校验，并在校验结果指示待烧写文件包完整，且与车辆控制系统匹配的情况下，将待烧写文件包中包括的目标固件写入MPU，MPU执行重启，并将MPU内存储的引导加载程序加载为根文件系统，以执行目标固件。