本发明公开了一种基于DNA混合池检测早胜牛CAPN1基因单核苷酸多态性的方法，包括：(1)以包含CAPN1基因的待测早胜牛全基因组DNA为模板，以引物对P为引物进行PCR特异性扩增，扩增区域为exon5‑exon6，即3594～4094bp，上游引物P1：5′‑GCTGTGGCAGTTTGGTGAGTGG‑3′，下游引物P2：5′‑TGAGGCAAAGGACAGGGT‑3′；(2)构建DNA混合池：采用正交试验，以DNA混合样本数量和混合后DNA终浓度为组合因子建立DNA混合池，以每个混合池为单一模板同时进行3次PCR扩增，扩增产物进行测序分析；优化筛选的DNA混合样本数量为150个，DNA终浓度为100ng/μL。本发明通过设计特异性引物及分析研究DNA混合池对PCR扩增质量与SNPs检出率的影响，提出了检测早胜牛CAPN1基因单核苷酸多态性的方法，为后续开展早胜牛肉用性状关联基因SNPs位点快速筛查提供了基础。