本发明属于基因荧光探针检测技术领域，具体涉及一种单核苷酸多态性检测用组合物及其应用。单核苷酸多态性检测用组合物含有：不同等位基因间共用的上游引物与下游引物，每种等位基因特异性的等位基因特异性引物，及同各等位基因特异性引物分别互补关联的使用不同荧光标记的探针，探针覆盖单核苷酸多态性位点。采用本发明单核苷酸多态性检测用组合物进行基因检测，可实现单管内多等位基因检测，灵敏度高，又能区分基因的杂合或纯合类型，且无需探针反复优化，节省成本，提高检测通量，结果准确，便于分析。