一种生物芯片检测单核苷酸多态性的方法，其首先对核酸样本进行扩增，得到扩增产物；再进行液相杂交和连接酶反应，使液相杂交中的完全匹配探针和通用探针连接，以检测单核苷酸的多态性；然后进行固相杂交，将5′端带有标签探针、3′端带有检测基团的探针与生物芯片进行杂交，温度25℃－75℃，时间0.5h－36h，检测基团被分配到生物芯片的不同位置；进行单核苷酸多态性检测，得检测结果。本发明解决了背景技术中难以实现高通量检测、检测成本高的技术问题。本发明具有简便、快速、灵敏、特异性高等特点，应用范围广泛，可检测多种单核苷酸多态性位点。