本发明提供了一种混源软件自主可控性检测方法及系统，用以解决现有技术中尚无针对混源软件是否具有自主可控性的检测的问题。所述方法包括：源代码导入，源代码分析，判断是否执行测试；动态执行跟踪及一致性分析，对未覆盖到的函数、变量和代码，或对代码与设计说明文档的差异，软件开发人员要给出合理的解释，不能说明理由的，判定为非自主开发的代码。本发明从代码静态分析和动态执行两个方面，对于这些不一致的地方和多余代码，如果不能给出合理的解释，则判定为该软件不具备自主可控性。本发明操作简单，实用性强，能够快速、准确地检测软件是否是自主开发的，从而找出那些披着自主可控外衣的软件，有效防范非自主软件带来的潜在风险。