本发明涉及一种制备高纯低聚木糖的方法，首先使用活性炭对黑液或植物提取液脱除木质素后的溶液进行吸附处理，固液分离后得到提纯液Ⅰ；然后利用强酸性阳离子交换树脂吸附提纯液Ⅰ中的单糖；将吸附后得到的提纯液Ⅱ与有机溶剂混合，经过纯化萃取处理去除杂质，将除杂后得到的低聚木糖溶液进行浓缩结晶后得到高纯度低聚木糖。本发明以黑液或植物提取液脱除木质素后的溶液为原料，依次经过活性炭脱色、吸附，强酸性阳离子交换树脂吸附以及有机溶剂纯化萃取处理等步骤，制备得到了纯度大于95％的高纯度低聚木糖，实现了对资源的充分利用，具有良好的经济效益和应用前景。