本发明涉及果糖生产技术领域，具体为高蔗果三糖含量的低聚果糖的制备方法、装置，制备方法如下：将1‑丁基‑3‑甲基咪唑六氟磷酸盐溶液和果糖基转移酶进行充分的混合，再静置平衡；在反应容器中配制蔗糖溶液，然后加入柠檬酸并调节蔗糖溶液的pH；将反应容器进行水浴加热，待蔗糖溶液温度平衡后，加入静置平衡后的混合液，持续搅拌糖化反应，再加入果糖溶液继续糖化反应；最后经脱色、过滤、膜过滤、色谱分离、浓缩即可；制备装置包括混合生产结构和水浴生产结构，混合生产结构的侧端位置连通有水浴生产结构；本发明具有更高的保水性和人体肠道益生菌代谢消化性；同时本发明的工艺流程更简单、生产效率高，适合大规模工业生产。