本发明涉及低聚果糖的制备，具体的说是一种柱式离子交换法水解菊芋制备低聚果糖的方法，1)制备菊芋汁；2)将制备的煮提液经氢氧化钙处理，通CO₂气体，沉淀离心过滤，得到澄清的菊芋汁；3)采用阳离子交换树脂，处理菊芋煮提液，流速控制在800－1200cm³/h，流出液pH值控制在1.0－2.2之间；4)流出液放置于室温下，酸解2－6小时，过强阴离子树脂，汁液经浓缩，喷雾干燥或真空干燥。本发明采用离子交换树脂除去菊粉中杂质的同时，降低其pH值，并控制酸解时间，该法与酶法相比，可产生与酶法纯度相当的产品，但生产成本大为降低。具有省时、省力、工艺简单的优势，为将来大规模工业化生产低聚果糖奠定了基础。