本发明提供了一种胃癌分型的蛋白标志物的筛选方法、筛选装置及其筛选的蛋白标志物的应用。该筛选方法包括：从多个样本形成的蛋白表达质谱数据库中筛选出满足保留条件的蛋白，作为有效蛋白集；对有效蛋白集依次进行两次降维处理，得到降维蛋白集；对降维蛋白集进行聚类分析，得到不同类别的蛋白标志物。该方法通过从大量的胃癌样本的蛋白质谱数据库中筛选出在癌症样本中显著高表达的蛋白标志物，并根据不同蛋白标志物与生存率之间的相互关系，将胃癌分成不同类别的蛋白标志物，这些标志物在不同类别之间存在显著性差异，因而对胃癌分型更准确。