本发明提供了一种侧信道分析中的能量轨迹提取方法及系统，该方法包括：获取初始能量轨迹，调用滑动窗口，以预设的步进步长从初始能量轨迹的起点向终点滑动，依次将初始能量轨迹分割成多个子能量轨迹，在每次滑动时，计算当前滑动窗口内的子能量轨迹的第一特征向量，获取第一特征向量与预设的样本特征向量的第一特征距离，在判断第一特征距离小于预设的距离阈值时，记录该子能量轨迹的起始坐标和轨迹长度，从初始能量轨迹中截取与记录的起始坐标和轨迹长度对应的能量轨迹，并将截取的能量轨迹确定为目标能量轨迹。应用本发明提供的方法，无需找寻触发引脚或设定相应的触发信号，即可实现对待分析设备在运行密码算法时所产生的能量轨迹的提取。