本发明公开了一种长定子输送系统的动子控制方法及控制系统，该控制方法包括：确定与长定子输送系统相关联的多个工序；确定动子装置在各个工序中的运动目标信息；基于当前工序，控制动子装置到达其目标位置，在动子装置到达其目标位置的情况下，向外部设备发出触发信号请求外部设备执行与当前工序对应的操作；在收到外部设备发出的表征与当前工序对应的操作已执行完毕的反馈信号后，根据反馈信号的类型，确定当前工序中的各个动子装置的下一目标工序及其在下一目标工序中的运动目标信息。根据本发明的长定子输送系统的动子控制方法及控制系统，采用工序调度的控制方式来动态调度系统中的动子装置，能够实现更简洁、更高效的动子协同控制。