本发明公开了一种监控场景多目标跟踪方法及系统，基于剪枝优化后的多假设跟踪，所述方法包括如下步骤：接收当前帧的目标检测框；基于所述当前帧的目标检测框，生成每个目标可能的位置的假设；基于最近多个帧的所有假设，求解最大独立子集和问题，得到每个目标可以选取的相互不冲突的假设路径，输出所述多个帧前的每个目标的位置；结合所述最大独立子集和问题的解和匈牙利算法进行剪枝优化，得到多目标跟踪结果。本发明提出一种新型的优化剪枝的方法，使得多假设跟踪的算法的复杂度大幅度减少。对于监控场景的多目标跟踪，能够充分利用CPU资源，不占用GPU资源，实时地对多目标进行跟踪；并可以通过改变整合信息时间的长短，实现对算法复杂度和精度平衡的调整。