本发明涉及一种用于红外图像序列的背景运动估计方法、装置及存储介质，方法包括：根据背景运动中相邻两帧图像的最大位移量确定待匹配区域，将待匹配区域划分成T个子区域，在这些子区域中用随机方法生成M个子窗口集合，用同步互信息匹配方法计算出这些子窗口集合对应的背景运动位移量，再根据这些子窗口集合对应的背景运动位移量使用势函数投票法计算出相邻两帧图像之间的背景运动位移量。本发明方法基于图像块匹配，不依赖于特征点的提取，因此对具有特征点较少的情况，以及受噪声干扰的红外图像序列的背景运动估计具有较高的鲁棒性。