本发明公开了一种蛋白高效分离装置，包括振动装置、支撑装置、分离组件和处理组件；支撑平台上端设有盲腔；支撑装置位于振动装置上方，包括支撑套筒、第一弹簧和夹紧组件，支撑套筒上设有上下贯穿的通孔，第一弹簧套装在支撑套筒下部，一端与支撑套筒上部固定连接、另一端可放置在盲腔内与支撑平台接触；分离装置包括电机、底板、第一升降装置和卡爪，第一升降装置的上下移动的伸缩端通过连接杆与卡爪连接，卡爪对支撑套筒夹紧和松开；处理组件位于支撑装置的上方，包括第二升降装置、支撑板、加液驱动和抽液驱动。本蛋白高效分离装置，结构简单，实现对试管内蛋白自动分离处理，更加高效，并且避免对试管振动时的损坏。