本发明公开了一种水下淤泥深度实时测量系统，包括：深度传感器、高度传感器、信号控制器、控制终端、绞车和拖鱼；所述绞车固定在坝顶，所述拖鱼位于水面下并通过缆绳与所述绞车相连，所述深度传感器、所述高度传感器和所述信号控制器搭载在所述拖鱼上，所述深度传感器和所述高度传感器采集到的信号通过所述信号控制器转换后，传输至位于坝顶的控制终端，所述控制终端对采集到的信号接收、转换并处理后获得淤泥高度数据。本发明还提供了一种水下淤泥深度实时测量方法。本发明的有益效果为：减轻了测量装置的重量，且能在同一点位长时间实时动态测量并存储相关数据，减少了测量次数和作业人员工作量。