本发明公开了一种用于化学钝化的系统，包括气泡去除装置、样品载台、封口机构，气泡去除装置位于样品载台的上方，封口机构位于气泡去除装置的上方，气泡去除装置和样品载台的样品放置区对向设置，封口机构的封口部位与样品载台的封口区对向设置，样品载台用于在样品放置区放置待封口样品；气泡去除装置用于使钝化液体均匀地散布在待封口样品上，去除装载有待封口样品的封口膜中的气泡以及多余的钝化液体；封口机构用于将封口区中的封口膜进行封口。本发明的用于化学钝化的系统不需要人为去除封口膜中的气泡，可以精准地对封口膜进行塑封，提高了化学钝化的效果和效率，减少了因为操作人员水平问题造成的钝化效果之间的差异。