本实用新型涉及样本分离技术领域，更具体地，涉及一种分离磁微粒装置，包括有机架，其中，还包括有在机架上相对设置的第一转动件和第二转动件，第一转动件和第二转动件之间留有放置待分离物质的空间；驱动装置，所述驱动装置与第一转动件和第二转动件连接，用于驱动第一转动件和第二转动件转动；磁性件，所述磁性件设于第一转动件和第二转动件上；第一转动件和第二转动件上的磁性件的极性相反。本实用新型通过旋转切换方式实现切换磁性的目的，完成磁微粒物质的洗涤、分离过程，具有分离更加全面的优点。