本申请涉及一种通过使磁微粒往复运动来分离磁微粒的装置，该装置包括：能够被磁微粒管状通路，管状通路包括入口和出口，入口能够与容纳包含磁微粒的溶液的第一容器对接，出口能够与接收磁微粒的第二容器对接；第一磁场施加单元，施加磁场以形成管状通路轴向上的第一磁力，而将磁微粒从溶液中吸出，并经入口吸入管状通路；第二磁场施加单元，施加磁场以在管状通路轴向上至少部分通路两端产生交错变化的第二磁力，而使磁微粒在该至少部分通路轴向往复运动；第三磁场施加单元，施加磁场以形成管状通路轴向上的第三磁力，而使磁微粒沿轴向流穿至出口，以排出到第二容器。由此快速从溶液中分离出磁微粒。