本实用新型旨在提供一种防污染核酸提取系统，包括一底座、设置在底座上的外壳体、设置在外壳体内部的工位单元、设置在工位单元上方用于核酸提取的提取单元，工位单元包括一工位台，工位台上设置有用于安放试剂容器的工位，工位台在工位处镂空，外壳体上部设有若干进气孔，底座上设有若干出气孔，出气孔处设有负压源。本实用新型根据核酸提取仪的结构构建一个负压系统，从而形成一个自上而下的空气流向压差，核酸提取仪内的废液废气顺着空气流向压差方向排出，使得核酸提取过程中产生的废液废气能够及时地向下排出，避免废液废气与试剂容器中的样本混合造成污染，且能够减少因空气流动造成的样本挥发。