本实用新型公开了一种梅花形孔琼脂凝胶制备工具，包含制胶盒盖、制胶盒、中心打孔柱子、周边打孔柱子、倒胶孔、按压固定片，所述中心打孔柱子固定位于制胶盒盖内面正中心，所述周边打孔柱子均匀分布在中心打孔柱子周围，距离中心打孔柱子1距离相等，任意两个周边打孔柱子与中心柱子连线的夹角为60°，所述倒胶孔对称分布于制胶盒盖外表面边缘，所述制胶盒盖深度略小于制胶盒，所述按压固定片对称分布于制胶盒的底部侧面。本实用新型梅花形孔琼脂凝胶制备工具制备凝胶时，可以避免常规手工打孔造成的孔径、孔距尺寸不一致的弊端，减少使用酒精灯加热封闭凝胶孔的步骤，使梅花形孔琼脂凝胶的制备过程大大简化，同时减少凝胶打孔过程中的破损概率。