本申请涉及一种用于清洗反应杯的磁微粒吸附装置及其清洗设备。该用于清洗反应杯的磁微粒吸附装置，包括固定板、固定在所述固定板上的导轨、与所述导轨滑动配合的一对滑块，每个所述滑块上固定有一磁吸组件，待清洗反应杯位于一对所述磁吸组件之间，所述待清洗反应杯抽废液时，所述一对滑块沿所述导轨彼此相向运动，所述待清洗反应杯冲入清洗液时，所述一对滑块沿所述导轨彼此反向运动。本实用新型的有益效果是：本实用新型巧妙设计了一个磁铁可动的磁分离装置，可以方便的控制磁铁紧贴和远离反应杯，实现磁场强度的可控强弱变化。如果磁场强度可以可控变化，即抽废液时吸附力最强，可以牢牢吸附磁微粒，减少磁流失；注入清洗液时和混匀时磁场变弱，可以充分冲散磁珠，磁微粒清洗更充分。