本实用新型公开了一种两线制子母钟控制系统，包括母钟模块，子钟模块，所述母钟模块包括NTP授时模块、时源接收模块，所述母钟模块还设置有电源模块、母钟微处理器模块、人机交互模块、子钟接口模块；所述电源模块分别与所述母钟微处理器模块、所述子钟接口模块电连接；所述人机交互模块与所述母钟微处理器模块电连接；所述的子钟模块设置有相互电连接的子钟接口模块、子钟微处理器模块、地址编码设定模块；所述母钟模块与所述子钟模块通过POWERBUS总线实现电连接。由此，本实用新型采用任意类型的双芯线缆布线，由原来的四芯或五芯布线简化成两芯布线，降低了线芯数量，节省了线缆成本，并且子母钟之间的总线不区分极性，大大降低了布线的工作难度。