本实用新型公开了一种医用显微成像光谱仪全自动高精度扫描结构，包括外罩、分光模块和扫描机构，所述外罩内部的中间通过扫描机构活动设置有分光模块，且分光模块的两端分别设置有CCD相机和变焦镜头，所述扫描机构包括底板、步进电机、平移台、丝杠主体、丝杠螺母副、支柱、微型直线导轨和轴承座，所述底板的顶端设置有限位方槽和限位槽，所述底板的一侧通过焊接固定有侧板，且侧板的内侧设置有贴片光偶电路板，所述支柱靠近贴片光偶电路板的一侧设置有光偶挡片，所述丝杠主体远离步进电机的一端安装有开关挡片，且开关挡片的下方通过螺栓安装有光电开关。本实用新型便于装配，操作简单，且精度较高。