本实用新型公开了一种基于生物技术的菌落发酵装置，其结构包括发酵罐体、排气阀、搅拌电机、控制器、气泵、排气管、过滤罐、罐门、抽吸泵、排料管、进料管，发酵罐体与进料管相连通，发酵罐体与排气阀相连通，搅拌电机嵌入安装于发酵罐体一侧，控制器与气泵通过导线电性连接，排气管与过滤罐相连通，罐门与过滤罐铰链配合，抽吸泵嵌入安装于发酵罐体上方，抽吸泵与排料管相连通在排放废气过程中使废气得到过滤净化，减少对空气的影响，通过抽吸的方式对其进行排料，排放速度快，且罐体底部的凹槽方便于残留原料的集中，利于吸管的抽吸。