本实用新型公开了一种微生物制剂的发酵系统，包括罐体、取样室、密封罩、取样管和采集管，所述罐体的侧壁水平向外延伸形成取样室，且取样室底端壁体上贯穿有螺纹柱，所述取样室底端壁体与螺纹柱之间为螺纹密封连接，且取样室底端壁体上螺纹连接有固定环，所述螺纹柱的底端位于密封罩内部，且螺纹柱上开设有沟槽，并且螺纹柱内部插入有取样管，所述取样管与螺纹柱底端壁体之间为旋转轴承活动连接，且位于螺纹柱内部的取样管一端通过连通管与沟槽的槽底相连通。该微生物制剂的发酵系统，整个过程为手动操作，无需借助动力设备，降低成本，并且取样时，不会有外界空气介入，不会污染发酵液。