本实用新型公开了一种智能酶制剂菌种发酵装置，包括发酵罐，所述发酵罐的左右两侧表面分别设置有进料管和排气管，发酵罐的内底壁转动连接有转动杆，转动杆的上端延伸出发酵罐的上表面，转动杆的表面固定安装有搅拌杆，转动杆的内部开设有通气通道，转动杆的正面与背面均设置有加气管，加气管的端部与通气通道连通，加气管的表面设置有单向阀。该智能酶制剂菌种发酵装置，通过设置风机和加气管，在风机的作用下将外部含氧空气输进通气通道并通过加气管和单向阀将其送进发酵罐中，并在电机的作用下通过锥形齿轮带动转动杆转动，转动杆的转动带动搅拌杆对发酵罐内的酶制剂进行搅拌，使酶制剂与含氧空气充分的融合，提高了酶制剂发酵后的效果。