本实用新型公开的属于超纯水系统技术领域，具体为一种多级EDI超纯水系统，包括连接架，所述连接架内侧壁底部设置有储水池，所述供水箱与所述超纯水设备连通，所述中央控制器安装于连接架内侧壁，通过超纯水设备中设置的碳钢过滤器和过滤层进行一级过滤预处理，然后进入预置水箱暂时储存，通过臭氧消毒器进行臭氧杀菌消毒，再经过EDI装置进行电除盐后输送到储水池内，然后通过储水池内设置的电导率检测模块对超纯水的电导率进行监测，当检测的电导值高于预设的电导率时，电导率检测模块将信号传输给中央控制器，中央控制器控制水泵工作，通过进水管与出水管配合将不合格的水输送至预置水箱内重新进行二次处理。