本实用新型提供了基于水浸物镜的超分辨率快速自动扫描成像系统，基于水浸物镜的超分辨率快速自动扫描成像系统，包括：结构光照明系统，用于通过多个方向和多个相位的周期性结构光对样品进行照明；水浸物镜成像系统，用于在周期性结构光下将样品经水浸物镜和筒镜成像到相机上，得到经过周期性结构光调制的多个空间域图片；图像处理系统，用于将空间域图片进行傅里叶变换到频域图像处理后得到超分辨率显微图像；控制系统，用于控制水浸物镜成像系统成像时扫描的位置和方向。本实用新型采用结构光照明结合水浸物镜实现超分辨显微成像，其效果达到或者超过了相同系列油浸物镜成像的分辨率，可应用于阴道微生态病理检测。