本实用新型公开了一种微生物菌种低温烘干装置，涉及微生物技术领域。该微生物菌种低温烘干装置，包括底座，所述底座顶部外壁通过螺栓固定有外箱体，且外箱体一侧底部处和另一侧顶部处分别设有进风管和出风管，所述外箱体内壁套设有内箱，所述内箱外壁设有等距离分布的支撑板，且支撑板与外箱体的内壁相接触，所述内箱内壁设有隔板，且内箱两侧内壁与隔板两侧外壁均设有等距离分布的档条，内箱底部设有两个进气管，内箱顶部外壁设有两个排气管。本实用新型多孔板高度和间距均可以通过档条的位置进行调节，方便各种不同菌种容器的放置，组合灵活，箱内的菌种容器受热后会排出水份，降低热风机的能源消耗，实现热能的重复利用，降低能耗，更加环保。