本实用新型涉及一种多形状深微孔激光加工系统，本多形状深微孔激光加工系统包括：激光器、激光能量切换单元和激光扫描模块；其中所述激光能量切换单元适于将激光器发出激光反复切换成两种能量激光输出；即第一种能量激光通过激光扫描模块对位于基板上的待加工零件进行逐层堆积；以及第二种能量激光通过激光扫描模块在待加工零件逐层堆积过程中烧蚀微孔；本实用新型通过反复切换成两种能量激光输出对待加工零件进行逐层堆积烧蚀微孔，并通过控制脉冲激光的脉宽、峰值功率以将深微孔分成若干浅微孔进行增、减材加工，可实现各种形状的深微孔加工，深径比不受限制，加工效率高。