本发明公开一种发动机硬件在环测试方法及系统。该方法包括：实时处理器接收携带仿真模型设定参数的仿真测试指令，采用实时仿真复合模型模拟仿真模型设定参数对应的发动机测试工况，获取发动机测量信号，将发动机测量信号发送给发动机控制单元，其中，实时仿真复合模型包括子系统仿真高斯模型和子系统仿真均值模型；发动机控制单元接收发动机测量信号，采用待测试控制程序对发动机测量信号进行处理，获取目标控制信号，将目标控制信号发送给实时处理器；实时处理器接收目标控制信号，采用实时仿真复合模型根据目标控制信号调整模型运行状态，获取仿真测试运行结果。该方法可保障测试过程中，既兼顾仿真计算精度，又保障实时性。