本申请提出一种空调系统及其控制方法和装置、存储介质，空调系统包括室外机、至少一个室内机和至少一个水力模块，室外机包括室外换热器和第一压缩机，第一压缩机用于压缩第一冷媒介质，水力模块包括第一换热器、第二换热器和第二压缩机，第二压缩机设置在第一换热器和第二换热器之间，用于压缩第二冷媒介质；第一冷媒介质和第二冷媒介质在第一换热器内换热，控制方法包括以下步骤：确定空调系统处于主制冷运行；获取处于制冷模式的室内机的制冷量、水力模块中第一换热器的吸热量以及第一压缩机的输出量；根据制冷量、吸热量和输出量，对第二压缩机的功率进行控制，以使制冷量和输出量的和吸热量相等，以实现空调系统的能效最佳。